Eesti Põhjala Ühingu tekkeks andis tõuke kiri, mis saabus Eestimaa Rahvarinde büroosse 1989. a. mais Norra ajakirjanikult Morten Bakkelilt. Kirja autor, avaldades sümpaatiat Eestis tärganud demokraatlikele liikumistele, juhtis tähelepanu Põhjamaades tegutsevatele Norden (Põhjala)-Ühingutele ja neid ühendavale liidule (Föreningarna Nordens Förbund). Ta soovitas luua Eestis analoogne ühing, et avardada Norden-Ühingute kaudu Eesti demokraatlike liikumiste kontakte Põhjamaades.

Mõttest haarasid kinni Oleg Kangur ja Rein Tamsalu, kes koostasid ühingu põhikirja ja kutsusid kokku asutamiskoosoleku. See toimus perekond Tarandite korteris 20. oktoobril 1989.a. Asutajaliikmeteks olid 12 Rahvarinde ja kultuuritegelast: Mati Hint, Ülo Kaevats, Oleg Kangur, Marju Lauristin, Jüri Luik, Eino Muruste, Rein Tamsalu, Andres Tarand, Mari Tarand, Mart Tarmak, Sirje Trei ja Peeter Vihalemm. Ühingu tegevuse suunitlus oli algul selgelt poliitilise iseloomuga. 1989.-90.a. valimiskampaaniate tõttu ühingu tegevus esialgu soikus, elavnedes pärast I suurkogu, mis toimus 12. mail 1990.a. Kirjanike Maja saalis ja kuhu kogunes 47 inimest. Kinnitati põhikiri, kiideti heaks tegevussuunad, valiti juhatus ja esimees - Oleg Kangur.

Ühing registreriti ENSV Riikliku Kultuurikomitee käskkirjaga nr. 500, 29. detsembril 1989.a. Kohe võeti ühendust sõsarühingutega ja Põhjala Ühingute Liiduga. Esimese vastukajana saabus Põhjala Ühingute Liidu presiidiumi avaldus poliitilise olukorra kohta Baltikumis, mis võeti vastu Stockholmis 15. jaanuaril 1990.a. Sama aasta kevad-suvel saabusid ka esimesed külalised - Soome ja Norra ühingute esindajad, sh 36-liikmeline rühm Soomest. Ühingu esimees Oleg Kangur viibis juunis 1990 Ahvenamaal sealse Põhjala Ühingu külalisena.